内部设计
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内部设计¶
概述¶
Dask 数组通过由较小数组组成的块网格来定义一个大型数组。这些数组可以是实际的数组,也可以是产生数组的函数。我们使用以下组件定义一个 Dask 数组:
一个 Dask 图,其中包含一组特殊的键来指定块,例如
('x', 0, 0), ('x', 0, 1), ...
(更多详情请参阅 Dask 图文档)沿每个维度的分块大小序列,称为
chunks
,例如((5, 5, 5, 5), (8, 8, 8))
一个名称,用于标识 Dask 图中的哪些键指向此数组,例如
'x'
一个 NumPy dtype
示例¶
>>> import dask.array as da
>>> x = da.arange(0, 15, chunks=(5,))
>>> x.name
'arange-539766a'
>>> x.__dask_graph__()
<dask.highlevelgraph.HighLevelGraph at 0x7f9f6f686d68>
>>> dict(x.__dask_graph__()) # somewhat simplified
{('arange-539766a', 0): (np.arange, 0, 5),
('arange-539766a', 1): (np.arange, 5, 10),
('arange-539766a', 2): (np.arange, 10, 15)}
>>> x.chunks
((5, 5, 5),)
>>> x.dtype
dtype('int64')
Dask 图的关键¶
按照特殊约定,我们使用形如 (name, i, j, k)
的元组来引用数组的每个块,其中 i, j, k
是该维度中块的索引,范围从 0
到该维度中的块数。Dask 图必须包含指向这些键的键值对。此外,它可能还包含最终计算所需值所需的其他键值对(通常组织在 HighLevelGraph 中,但此处为便于说明以扁平形式显示)
{
('x', 0, 0): (add, 1, ('y', 0, 0)),
('x', 0, 1): (add, 1, ('y', 0, 1)),
...
('y', 0, 0): (getitem, dataset, (slice(0, 1000), slice(0, 1000))),
('y', 0, 1): (getitem, dataset, (slice(0, 1000), slice(1000, 2000)))
...
}
Array 对象的名称可以在 name
属性中找到。可以使用 .__dask_keys__()
方法获取嵌套的键列表。此外,可以使用 dask.array.core.flatten()
平展此列表。这在构建新字典时有时很有用。
分块¶
我们还存储沿每个轴的每个块的大小。这由一个元组的元组组成,其中外部元组的长度等于数组的维数,内部元组的长度等于沿每个维度的块数。在上面所示的示例中,该值如下所示:
chunks = ((5, 5, 5, 5), (8, 8, 8))
请注意,这些数字不一定需要规则。我们经常创建规则大小的网格,但在复杂切片后块的形状会改变。请注意,某些操作确实期望块形状具有特定的对称性。例如,矩阵乘法要求两侧的块具有反对称形状。
chunks 反映我们数组属性的一些方式
len(x.chunks) == x.ndim
: chunks 的长度是维数tuple(map(sum, x.chunks)) == x.shape
: 每个内部块的总和是该维度的长度每个内部块的长度是该维度中的键数。例如,对于
chunks == ((a, b), (d, e, f))
且 name =='x'
的数组,我们的数组具有以下键的任务:('x', 0, 0), ('x', 0, 1), ('x', 0, 2) ('x', 1, 0), ('x', 1, 1), ('x', 1, 2)
元数据¶
许多数组操作依赖于知道 dtype (int, float,...) 和 type (numpy, cupy,...)。为了跟踪这些信息,所有 Dask Array 对象都有一个 _meta
属性,其中包含一个具有相同 dtypes 的空 Numpy 对象。例如:
>>> np_array = np.arange(15).reshape(3, 5)
>>> da_array = da.from_array(np_array, npartitions=2)
>>> da_array._meta
Empty Array
Shape: (0, 0)
dtype: int64
array([], shape=(0, 0), dtype=int64)
>>> ddf._meta.dtype
dtype: int64
在内部,Dask Array 会尽最大努力在所有操作中传播此信息,因此大多数情况下用户无需担心这一点。
创建一个数组对象¶
为了创建一个 da.Array
对象,我们需要一个包含这些特殊键的图
layer = {('x', 0, 0): ...}
dsk = HighLevelGraph.from_collections('x', layer, dependencies=())
一个名称,指定此数组引用的键
name = 'x'
和一个 chunks 元组
chunks = ((5, 5, 5, 5), (8, 8, 8))
然后,使用这些元素,可以构建一个数组
x = da.Array(dsk, name, chunks)
简而言之,dask.array
操作更新 Dask 图,更新 dtypes,并跟踪块形状。
示例 - eye
函数¶
举例来说,让我们为 dask.array
构建 np.eye
函数来创建单位矩阵
def eye(n, blocksize):
chunks = ((blocksize,) * (n // blocksize),
(blocksize,) * (n // blocksize))
name = 'eye' + next(tokens) # unique identifier
layer = {(name, i, j): (np.eye, blocksize)
if i == j else
(np.zeros, (blocksize, blocksize))
for i in range(n // blocksize)
for j in range(n // blocksize)}
dsk = dask.highlevelgraph.HighLevelGraph.from_collections(name, layer, dependencies=())
dtype = np.eye(0).dtype # take dtype default from numpy
return dask.array.Array(dsk, name, chunks, dtype)